Friedrich-Karl Schattauer gründete seinen Verlag im November 1949 in Stuttgart. Als erstes Verlagsobjekt erschien im Januar 1950 die 1927 gegründete Zeitschrift „Die medizinische Welt“ neu, die seit 1944 brach gelegen hatte. Der Geschichte des Verlages wurde 2009 eine Jubiläumsschrift gewidmet.
Der erste große Fachatlas in Farbe war 1964 „Der diagnostische Blick – Atlas zur Differentialdiagnose innerer Krankheiten“. Hauptarbeitsgebiete des Verlages sind Human- und Veterinärmedizin sowie medizinische Informatik, Psychosomatik, Psychiatrie und Psychotherapie. Ende 2010 hat Schattauer die Mehrheit der Geschäftsanteile am Kölner Psychiatrie-Verlag übernommen. Die hauseigene Seminar- und Kongressabteilung tritt am Markt als Schattauer Convention auf.
Die Verlagsleitung lag nach dem Tode des Gründers ab 1967 bis zum Verkauf an den Verlag Bergemann & Mayr, Miesbach, in den Händen von Elfriede Schattauer, Paul Matis und Phillip Reeg. Seitdem ist Dieter Bergemann Verleger und Geschäftsführer. Weitere Geschäftsführer sind Dipl.-Psych. Dr. med. Wulf Bertram und Jan Haaf, der den Bereich „Neue Medien“ verantwortet, die für den Verlag einen wichtigen Publikationsweg darstellen.
Schattauer gehört heute zusammen mit Mayr Miebach, MMIntec und MMMedien zur Mayr Miesbach GmbH. Der im Miesbacher Verlag der Familie Mayr seit 1874 erscheinende Miesbacher Anzeiger war nach dem Ersten Weltkrieg ein der bekanntesten deutschen Zeitungen. Dort veröffentlichte der in früheren Jahren linksliberal gesinnte Volksschriftsteller Ludwig Thoma (1867 – 1921) – zumeist anonym – demokratiefeindliche, rechtslastige und antisemitische Beiträge. Erst nach seinem Tode, Ende der 20er Jahre des vorigen Jahrhunderts, wurde aufgedeckt, dass der beliebte Schriftsteller („Ein Münchner im Himmel“, „Lausbubengeschichten“, „Jozef Filsers Briefwexel“) hinter den anonymen Hetzartikeln steckte.
