Nach der Schließung der Zweitausendeins-Filiale in Freiburg im Frühjahr 2013, ist der Verlag nun ab Juni wieder in der Stadt vertreten. Als Shop in Shop wird er in der Buchhandlung Walthari auf 85qm zu finden sein.
Das Programm von Zweitausendeins führt Literatur, Fachbücher, Bildbände und Unterhaltungsromane jenseits des Mainstreams, sowie Neuauflagen bereits vergriffener Literatur- und Filmklasisker. Dazu kommen Eigenesitionen wie z.B. die DVD-Eigenedition, die mittlerweise einen Umfang von über 650 Filmen und Dokumentationen hat.